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言被擒的人都是良民，不是贼党，以此来蛊惑人心。又挟制有司，轻的按胁从被掳的罪名加以处理，严重犯罪的则按强盗拒捕的法律处理。朱纨上疏说“：现在海禁分明，不知由什么原因被掳，由什么原因胁从。如果以引进番导来寇为强盗，海洋敌对为拒捕，我很愚昧，实在不能理解。”于是朝廷让他不须请示灵活处置、杀戮。
朱纨执法非常坚决，势豪之家都感到恐惧。贡使周良安插已定，闽人林懋和为主客司，宣言应当放他回去。朱纨因为中国制驭诸番，应当遵守大信，谏争得很强烈。就说：“除去外国强盗容易，除中国强盗困难。除去中国濒海的强盗还容易，除去中国衣寇的强盗特别困难。”闽、浙的人更加恨他，竟勒令周良还泊海屿，以等候贡期。吏部采用御史闽人周亮和给事中叶镗的话，上奏改朱纨为巡视，以减少他的权力。朱纨愤怒，第二年春天上疏说：“我整顿海防，稍有次第，周亮想侵削我的权力，致使我管的官吏不肯听我的命令。”既而又陈述明国事、正宪体、定纪纲、扼要害、除祸本、重决断六事，语言多有愤激。中朝士大夫先听进浙、闽人的话，也有不喜欢朱纨的人。
朱纨前往讨伐温、盘、南麂诸贼，连战三月，大破敌军，还平息处州矿盗。这一年的三月，佛郎机国人到诏安进行抢劫。朱纨攻击擒获他们的头领李光头等九十六人，又用相机处理之法将他们杀戮。并将情况报告给皇帝，语言中又侵犯了诸势豪之家。御史陈九德于是弹劾朱纨擅自杀戮。于是免去朱纨的官职，命令兵科都给事中杜汝祯考察审问。朱纨听说后，慷慨流涕说：“我贫穷而且有病，又意气自负，不能对簿公堂。纵使皇帝不想杀我，闽、浙人一定会杀我。我死，自己解决，不须他人。”写墓志，作绝命词，饮药而死。二十九年(1550)，给事中杜汝祯、巡按御史陈宗夔回来，说是奸民鬻贩拒捕，没有僭号流劫之事，问朱纨擅杀之罪。皇帝下诏令逮捕朱纨，朱纨在这以前已经死了。柯乔、卢镗等人一并被处死刑。
朱纨清强峭直，勇于任事。想为国家杜绝祸乱的根源，才被势豪之家陷害，朝野人士都为他叹息。自从朱纨死后，罢去巡视大臣官职不设，朝廷内外都摇手不敢说海禁方面的事。浙中卫所四十一个，战船四百三十九艘，军籍尽为耗散。朱纨将福清捕获的盗船四十多艘，分布在海道，在台州海门卫的有十四艘，作为黄岩的外部屏障。副使丁湛全部将它们遣散，撤消防备放开海禁。不久，海寇大作，荼毒东南有十多年。
张经，字廷彝，侯官人。起初冒用蔡姓，很久之后才复用张姓。正德十二年(1517)进士。授职嘉兴知县。嘉靖四年(1525)召到朝廷封为吏科给事中，历官户科都给事中，多次论说弹劾他人的言行。言官指责他是张璁、桂萼同党，吏部说张经行为端正，不问他的罪。后被提升为太仆少卿，历右副都御史，协助处理院事。
十六年(1537)进官兵部右侍郎，总督两广军务。断藤峡贼侯公丁占据弩滩搞叛乱。张经和御史邹尧臣等人定计，以军事托付副使翁万达，诱捕侯公丁。参议田汝成提议乘势进行讨伐。命令副总兵张经带领三万人作为左军，由翁万达做监军，指挥王良辅等六将分六道会集南宁，都指挥高乾带领六千人为右军，由副使梁廷振为监军，指挥马文杰等四将分四道会集宾州，抵达贼巢进行夹击。敌贼从林峒向东跑，王良辅等半路拦击，敌贼中断，又向西跑，斩敌首一千二百级。向东跑的那部分逃遁进入罗运山，翁万达等人挥师攻击他们。檄令右军沿江向东，绕到敌人背后。敌贼砍巨木阻塞隘口，布下蒺藜竹签，埋伏机弩毒镖，悬石树杪，遇急就撼动其树，石头都掉下来，官军又用计破敌。右军错过时机，田州土酋卢受便放敌贼离去。此役俘虏敌众四百五十人，招降二千九百多人。土人说，祖辈居住罗运有八世了，没有听说官军到过该地。向皇帝奏闻捷报，晋升张经为左侍郎，加俸禄一级。
不久与毛伯温定计，抚定安南，再晋升为右都御史。平定思恩土司和琼州黎部，升为兵部尚书。副使张瑶等人讨伐马平瑶屡次战败，皇帝将张瑶等人问罪而宽免张经。给事中周怡弹劾张经，张经乞求罢官，皇帝不同意。后因丧父而回家乡。服丧期满后，起用为三边总督。给事中刘起宗说张经在两广克扣饷银，才取消前项任命。
三十二年(1553)起用为南京户部尚书，就改兵部。第二年五月，朝议因倭寇猖獗，设立总督大臣。命令张经不解除兵部职务，总督江南、江北、浙江、山东、福建、湖广诸军，相机处置方便行事。张经征两广狼土兵听用。这一年十一月，皇帝采用兵科的话，改任张经为右都御史兼兵部右侍郎，专门办理讨贼这件事。倭贼二万多人占据柘林川沙洼，他们的同党正接踵而来。张经每日选将练兵，计划捣毁敌巢。因江、浙、山东的兵战斗屡次失败，想等狼土兵到达后用他们出战。第二年三月，田州瓦氏兵先到达，想速战，张经不准出战。东兰诸兵相继到达。张经将瓦氏兵隶属总兵官俞大猷，将东兰、那地、南丹兵隶属游击邹继芳，将归顺及思恩、东莞兵隶属参将汤克宽，分屯在金山卫、闵港、乍浦，牵制敌贼三面，以等待永顺、保靖兵来聚集。正巧侍郎赵文华因祭海到达这里，与浙江巡按胡宗宪一起，多次催促张经进兵。张经说“：敌贼狡猾而且人多，待到永、保之兵到达后夹攻，才是万全之策。”赵文华再三说服，张经执守灵活处事之权而不听他的。赵文华密疏皇帝说张经糜饷殃民，害怕敌贼而失去军机，想等敌人抢足东西逃跑后，剿敌余寇报功，应当立即整治他，以解除东南的大祸。皇帝问严嵩，严嵩的回答像赵文华所说的一样，并且说苏、松人怨恨张经。皇帝怒，当即下诏逮捕张经。这时是三十四年五月。
正在赵文华拜疏的时候，永、保兵已到达目的地，这一天就有石塘湾的胜利。到五月初一，倭寇突入嘉兴，张经派遣参将卢镗督保靖兵增援，让俞大猷督永顺兵从氵卯湖趋向平望，让汤克宽带领船兵从中路攻击，在王江泾合战，歼敌一千九百多人，烧死溺死的人很多。张经从兵事兴起以来可称是战功第一。给事中李用敬、阎望云等人说：“王师大捷，倭军的勇气被夺，不宜易换将帅。”皇帝大怒说：“张经对朝廷欺诞不忠，听到赵文华弹劾，才进行一战。李用敬等人是他的奸党。”将李用敬等在朝廷上用杖拷打，每人五十杖，并被贬斥为民。之后皇帝感到怀疑，就询问严嵩。严嵩说：“徐阶、李本江是浙江人，都说张经养寇不战。赵文华、胡宗宪合谋进剿敌寇，张经是冒他们的功。”并极力说赵文华、胡宗宪二人忠诚。皇帝深信他的话。张经到达朝廷后，详细地说出进兵的始末，并且说“：我任总督半年，前后俘歼敌人五千，请求据情减罪。”皇帝最终不采纳他的话，将他判处死罪拘囚狱中，这一年十月，与巡抚李天宠一起被斩首。天下的人都知道他是冤屈的。
胡宗宪，字汝贞，绩溪人。考中嘉靖十七年(1538)进士。历任益都、余姚二县知县。升御史职，巡视宣府、大同。皇帝诏令迁徙大同左卫军到阳和、独石，士卒聚众喧哗抗拒，宗宪单人独马前往安抚解释，同意不再迁徙，士卒这才安定下来。
嘉靖三十三年(1554)，胡宗宪出使巡按浙江。当时歙县人汪直盘踞五岛煽动倭人入侵，而徐海、陈东、麻叶等以柘林、乍浦、川沙洼为巢穴，经常骚扰郡县。嘉靖皇帝任命张经为总督，李天宠为浙江巡抚，又命侍郎赵文华督察军务。赵文华依恃严嵩为后台，异常骄恣。但张经、李天宠并不依附于他，独有胡宗宪委身依附。赵文华大为高兴，于是合力排挤张、李二人。倭寇进犯嘉兴，胡宗宪以毒酒杀死数百人。及至张经破敌于王江泾，胡宗宪亦为有力的参加者。赵文华将战功归于胡宗宪，而尽数抹杀张经的功绩，张经因此获罪。不久又诬陷李天宠，并立即提升胡宗宪为右佥都御史，取代李天宠巡抚浙江。
此时柘林倭寇移驻陶宅，兵势渐弱，正值苏、松巡抚曹邦辅歼灭倭寇于浒墅，赵文华意欲居功未能如意，大为遗憾，于是率兵进剿陶宅残余倭寇。胡宗宪与其一道行动，带精锐士卒四千人，扎营于砖桥，约同曹邦辅夹击倭寇，倭寇拼死反击，胡宗宪的部下伤亡千余人。赵文华命令副使刘焘继续攻击，又遭惨败。倭寇趁机进犯浙东诸州县，杀害政府文武官吏甚众。胡宗宪于是与赵文华商定施用招抚的计谋。赵文华回朝廷后，大肆诋毁总督杨宜，并向朝廷推荐胡宗宪，于是命胡宗宪以兵部右侍郎职取代杨宜为总督。
首先，胡宗宪派幕客蒋洲、陈可愿出使日本，宣谕朝廷诏书，在航行到王岛附近时遇上了汪直养子汪誢，汪誢邀请两位使者去见汪直。此前汪直诱使倭寇入侵沿海州县，倭人掠夺了不少财富，因此倭寇常裹挟各岛的居民一起洗劫地方。在与官军作战中，死伤不少，有的甚至整座岛屿都没有一个人活着回来，死者家属多归怨汪直。于是汪直与汪誢、叶碧川、王清溪、谢和等据五岛自保，岛上的人称汪直为老船主。胡宗宪与汪直同乡，他想招抚汪直，从金华监狱中释放了汪直的母亲和妻子，并给了优厚待遇。蒋洲等人这次见到了汪直，就将胡宗宪的意思告诉了汪直，汪直动心了，又得知老母娇妻安然无恙，非常高兴地说：“俞大猷逼得我无路可退，所以落到今天这一步。如果允许我赎罪通市贸易，我愿意归降。但日本国王已经死了，各岛无统一之权，须待逐个地劝说解决！”于是留下蒋洲，派遣汪誢等人护从陈可愿返回。胡宗宪以厚礼接待了汪誢，并给他以立功的机会。汪誢先后在舟山、列表击败倭寇，胡宗宪为汪誢向朝廷请功，朝廷因此赐汪誢等人金币，让汪誢等人回岛。汪誢大为欢喜，并告之徐海意欲内犯的消息。不久，徐海果然招引大隅、萨摩两岛的倭寇分路侵掠瓜洲、上海、慈奚谷，并自带万余人攻击乍浦，陈东、麻叶与其一道行动。胡宗宪固守塘栖，与巡抚阮鹗相为犄角。正逢徐海进窥皂林，阮鹗派遣游击宗礼邀击徐海于崇德三里桥，三战三捷，此后不久宗礼竟兵败身死，阮鹗逃至桐乡。
阮鄂部驻扎桐乡，徐海部众乘胜将其围困。胡宗宪私下计议说“：与阮鹗同困于此，于战事无补。”于是回到杭州，派指挥夏正等带着汪誢的书信劝降徐海。徐海大惊说“：老船主也归降吗？”这时徐海有伤在身，为此颇为心动，就说“：兵分三路行动，由不得我一人呀。”夏正回答说“：陈东已另有约定，所担心只有你徐公了。”徐海于是对陈东有了猜疑。而陈东知道徐海营中有胡宗宪的使者时，大为吃惊，由此与徐海有了隔阂。夏正乘机说服徐海，徐海派遣使者前来联系，并索要财物，胡宗宪尽数满足他们的要求。徐海于是放归官军俘虏二百人，放弃桐乡之围。陈东坚持围攻一天之后也撤走，回到乍浦。阮鹗知道自己不是徐海的对手，也就东渡钱塘江以抵御其他海寇。
起初，徐海入侵，上岸后焚毁了自己的舟船，以向士卒表明其有进无退的决心。至此，胡宗宪派人跟徐海说：“你已归附官府，吴淞江那儿有贼人活动，何不出击贼人而立功呢？再说，可以掠夺其舟船，为自己进退之用。”徐海觉得此言不差，就迎击海盗于朱泾，杀死海盗三十多名。胡宗宪又密令俞大猷偷偷地焚毁徐海新近掠夺的舟船。徐海心中恐惧，将弟弟徐洪作为人质，并献上自己平日佩戴的飞鱼冠、坚甲、名剑及其他珍奇玩物。胡宗宪因此厚待徐洪，谕告徐海如能将陈东、麻叶绑来，将给他世袭的军功爵位。不久，徐海果然将麻叶绑到。胡宗宪亲手解掉绳索，并令麻叶写信陈东，要他除掉徐海，胡宗宪又设法将此信内容泄露给徐海。徐海动怒，徐海之妾也受到胡宗宪的贿赂，劝徐海先除陈东。于是徐海又设计捕捉陈东，献之于胡宗宪，并率其部众五百人离开乍浦，驻扎梁庄。官军焚毁乍浦贼人营地，斩首三百余级，烧死、淹死的也不少。徐海于是确定了请降日期，不料徐海又提前猝然而来，将全副武装的壮士留在平湖城外，自带酋长一百余人，披甲前来，赵文华等很害怕，意欲拒绝徐海等人的晋见，胡宗宪执意接见。徐海叩头请恕其罪，胡宗宪抚摸着徐海的脑袋，以好言安慰。徐海自己选择沈庄屯聚部众。沈庄分为东西两庄，中间以河为界。胡宗宪让徐海居东庄，西庄安排给陈东部众。胡宗宪叫陈东致信余部说：“督府檄文徐海，要他晚上来捕捉你们。”陈东余部大为恐惧，于是乘夜攻击徐海，徐海带着两个小妾逃走，在小路上为兵器所伤。第二天，官军包围了徐海，徐海投水而死。这时卢镗也擒获了辛五郎，辛五郎是大隅岛海盗头子的弟弟。于是胡宗宪将俘获的徐洪、陈东、麻叶、辛五郎及徐海首级进献京师。皇帝大悦，举行告庙大礼，胡宗宪加官为右都御史，加级赐赠金币。徐海余部逃往舟山，胡宗宪命俞大猷雪夜焚烧其营地，海盗尽数死于烈火之中。两浙的倭患渐次平息。
嘉靖三十六年(1557)正月，阮鹗改任福建巡抚，朝廷命胡宗宪兼任浙江巡抚之职。蒋洲在倭人中，谕令山口、丰后二岛头目源义长、源义镇归还所掠大陆人口，并备办乡物入贡朝廷。宗宪以此事上报，嘉靖帝诏令厚赏来使，将其放还。十月，又派夷人头目善妙等，随汪直前来贸易，停泊在岑港。浙江人听说汪直乘倭人船只而来，大为惊异。巡按御史王本固也上言不宜，朝臣说胡宗宪将酿东南大祸。汪直遣汪誢前来晋见胡宗宪说“：我们奉诏而来，为的是止息兵戈，安定边境，应该有使者远道迎接，设宴犒赏。现今却戒备森严，禁止舟船往来，胡公是不是在欺骗我？”胡宗宪再三解释，汪直不肯相信。宗宪又令汪直的儿子写信招请汪直，汪直说：“儿子你多蠢，你父亲在，就厚待你，父亲来了，全家同归于尽。”因而要求有一朝廷命官做人质。胡宗宪立即派夏正与汪誢一同前往。胡宗宪曾预先撰写了请赦汪直罪疏，并将汪誢引入卧室内，偷看了奏疏内容。汪誢告诉了汪直，汪直的疑心逐渐解除，于是偕同叶碧川、王清溪进谒胡宗宪，胡宗宪尽心抚慰，并令汪直等去杭州见王本固。王本固将汪直等人关进监狱。宗宪上疏请为汪直赎死罪，让汪直戍守海疆，以笼络番夷之心。王本固上书强烈反对，而社会舆论说宗宪受了汪直等人的贿赂。胡宗宪很害怕，就改变了主意。汪直论以死罪，叶碧川、王清溪充军边塞。汪誢与谢和于是肢解了夏正，驻扎舟山，守驻岑港。官军四面合围，贼人殊死搏斗，伤亡甚多。
到了第二年春天，大批新的倭寇增援而来，朝廷严旨斥责宗宪。胡宗宪害怕朝廷降罪，上疏陈述战功，说贼人指日可灭。有关部门指斥其为荒谬之言。嘉靖帝大怒，尽数剥夺俞大猷等将官之职，严厉地斥责胡宗宪，命令他在指定期限平定倭患。这时赵文华已获罪处死，胡宗宪失去内援，他见倭患来了，想讨好皇上，恰好在舟山得到一只白鹿，胡宗宪将白鹿献于皇上，嘉靖帝大为高兴，行告庙祭礼，厚赏银币。不久，胡宗宪又上一只白鹿，嘉靖帝愈发高兴，在玄极宝殿及太庙行祭礼酬谢，朝廷百官也前来祝贺，赐加胡宗宪俸禄。不久之后，岑港海寇移驻柯梅，官军多次进攻而不能得手。御史李瑚弹劾胡宗宪，说他诱捕汪直，挑起衅端。王本固和给事中刘尧诲也上疏弹劾老师放纵海寇，请剥夺胡宗宪的各项奖赏。嘉靖帝命群臣讨论，大家都说胡宗宪功劳多，不宜罢免。嘉靖念其擒获汪直之功，命令胡宗宪仍官居原职。
海寇移驻柯梅后，制造巨大的舰船作为逃走的运载工具。大船竣工后，胡宗宪认为海寇走有利于自己，因此，并不攻击敌人。海寇将大船驾驶到浯屿，大肆攻掠福建沿海州县。福建人大噪，说胡宗宪嫁祸闽人。御史李瑚又疏劾胡宗宪三大罪。李瑚与俞大猷都是福建籍人，胡宗宪怀疑俞大猷说了什么，于是上疏弹劾俞大猷消极作战，因此俞大猷被捕入狱。
此时，江北、福建、广东皆为倭寇所害。胡宗宪虽然尽督东南数十府，但道路迢迢，只是遥控而已，不能详加筹划。然而一有小胜就论功奖赏，这样的事无月不有，如果战败了，却不追究责任。嘉靖三十八年(1559)，海寇大举攻掠温州、台州，并有另外一支海寇侵扰沿海诸县。给事中罗嘉宾、御史庞尚鹏奉诏调查此事，说胡宗宪纵养海寇，当置重刑。嘉靖帝并不追究。第二年，论平汪直之功，加胡宗宪为太子太保。
胡宗宪善用权术，喜取功名。通过赵文华结纳严嵩父子，每年进献金币、玉帛、奴婢及珍奇淫巧无数。赵文华死后，胡宗宪更加巴结严嵩，威权震于东南。胡宗宪善待宾客，常招请东南士大夫参预军事谋议，名利双收。至于身怀各种技艺的各色人等，都予蓄养，施之于恩赏，也就能得其死力。然而胡宗宪创制均徭的征纳法，额外加征田赋，人民为此困敝不堪。而且他还侵吞国库，聚敛富人财物无数。罗嘉宾、庞尚鹏还朝，上疏申诉胡宗宪侵吞国库，计银三万三千两，其他则无典册可寻。胡宗宪上疏自辩，说“：臣为国除贼，下诱饵，施用反间计，没有小恩小惠，是难成大事的。”嘉靖帝对宗宪的做法表示理解，抚慰再三。不久，胡宗宪上疏，请节制巡抚及掌管江都御史之权，如三边旧例。嘉靖帝即晋胡宗宪为兵部尚书，一如所请。胡宗宪又献白龟二只、五色芝五株。皇帝为此又到玄宝殿的太庙祭告酬谢，并加倍赏赐宗宪。
第二年，江西发生农民起义，胡宗宪兼职节制江西。宗宪未到，总兵官戚继光已剿平地方。九月胡宗宪奏称“：盗贼屡次侵犯宁、台、温诸地，我部前后俘虏斩首一千四百多级，贼众全部剿灭。”皇帝高兴，加胡宗宪少保衔。两广平定巨盗张琏，也归功于宗宪。这时严嵩已倒台，大学士徐阶说：“两广讨平贼众，这跟浙江有什么关系呢？”于是皇帝仅赐给银币。不久，南京给事中陆凤仪疏劾胡宗宪党附严嵩以及奸欺贪淫十大罪状，朝廷乃下旨逮捕拿问。等宗宪押到时，嘉靖帝说“：宗宪不是严嵩之党羽，我选拔任用他八九年，人们对他并无微词。自从屡献祥瑞之物后，被群邪嫉妒。并且开始讨论捕获汪直功劳时答应给他五等封爵，现在如果加罪于他，以后谁还为我做事呢。放他回去闲住吧。”
事情过了很久，胡宗宪在万寿节进献秘术十四条，嘉靖帝大为喜悦，又考虑起用他。此时正逢御史汪汝正抄没罗龙文家，得到一件胡宗宪手写的文书，原来是胡宗宪被弹劾时自拟圣旨让罗龙文转给严世蕃的，于是将胡宗宪逮捕下狱。胡宗宪上疏自叙讨平倭患之功，说自己因献祥瑞得罪言官，且告汪汝正接受赃物之事。嘉靖帝对胡宗宪还是有所眷恋，并将汪汝正捕入狱中。胡宗宪最终病死狱中，汪汝正获释。万历初年，恢复胡宗宪官职，追谥襄懋。
曹邦辅，字子忠，定陶人。嘉靖十一年(1532)进士。历任元城、南和知县，以廉洁干练著称。提升为御史，巡视河东盐政。巡按陕西，弹劾总督张珩等人冒功，他们都谪戍边关。调任湖广副使，补职河南。
柘城叛贼师尚诏造反，攻陷归德。检校董纶率民兵巷战，手刃数贼，与他的妻子贾氏都战死。敌贼又攻陷柘城，劫获举人陈闻诗做主帅。陈闻诗不听，斩其随从来要挟他。陈闻诗哄骗他们说：“一定要我同行，就不要杀人，不要放火。”敌贼许诺，将他拥上马。他三天绝食，到鹿邑自缢而死。敌贼包围太康，都指挥尚允绍与他们在鄢陵交战，被敌贼打败。尚允绍又在霍山攻击敌贼，被敌贼包围，官兵没有敢前进的。曹邦辅将走在最后的士卒斩首，士卒就竞相前进。敌贼大溃，被擒斩的敌人有六百多人。师尚诏跑到莘县，被擒。敌贼起兵四十多天，攻破一府、八县，杀戮十多万人。曹邦辅与敌人急战，将他们歼灭。皇帝下诏令赏赐银币，升曹邦辅为山西右参政，迁浙江按察使。
三十四年(1555)拜封为右佥都御史，巡抚应天。倭寇聚集柘林。他们的党徒从绍兴逃窜转掠杭、严、徽、宁、太平，接着侵犯南京，攻破溧水，抵达宜兴。被官军追逼，逃奔浒墅。副总兵俞大猷、副使任环多次在半路上攻击他们，但柘林的余贼已经进据陶宅。曹邦辅督副使王崇古包围他们，佥事董邦政、把总娄宇协助剿敌。敌贼逃跑到太湖，被官军追上，并被全部歼灭。副将何卿的军队被敌人打败，曹邦辅援助他们。用火器攻破敌贼战船，前后俘歼六百多人。侍郎赵文华想窃取他们的功劳。曹邦辅的报捷之书先奏上皇帝，赵文华非常厌恨。既而赵文华与浙江巡按御史胡宗宪会同曹邦辅进攻陶宅的敌贼，诸路营军都被敌人击败。敌贼撤退时，曹邦辅进攻他们，又被打败，被剥夺俸禄。赵文华上奏告曹邦辅避难击易，致使战败，总督杨宜也奏曹邦辅故意违抗节制。给事中夏木式、孙。。为曹邦辅抗争，曹邦辅没有获罪。赵文华回到京城，上奏余贼已扫尽，而巡按御史周如斗又奏失败的情况，皇帝很怀疑赵文华。赵文华因而说“：敌贼容易歼灭，督抚的人员不当，致使战败。我过去论告曹邦辅，夏木式、孙。。却生事诬蔑我。东南涂炭何时能解除啊。”于是逮捕拘囚曹邦辅，将他谪戍朔州。
隆庆元年(1567)，杨博治理吏部，起用曹邦辅为左副都御史，协助处理院事。晋官兵部右侍郎，管理军政。不久以左侍郎兼右佥都御史，总督蓟、辽、保定军务。他说修治边墙并非上策，应当紧急练兵；兵练成之后才能谋议边事。用给事中张卤的话，召曹邦辅为右都御史，掌管院务。皇帝因京营事重，改协理为阅视，将京营交给懂得军事的大臣，遂以左都御史召还任职。之后，听从恭顺侯吴继爵的话，又改阅视为提督。
不久，转为南京户部尚书。上奏督仓主事张振选不听管束。吏部因而说：“过去执政喜欢别人取悦自己，属下的官吏依靠它来作为奥援。构陷朝堂上官员，以至于屈身降意，倒置名份。在外的巡按御史也曲庇进士推为知己，监司贤与不肖出自他的口吻。祸害政治没有比这更厉害的。”穆宗深深感到这些话是对的，于是贬黜张振选，整治内外诸司，但终不能改变。
曹邦辅多次乞求退休，皇帝不听。万历元年(1573)获准去京师，又因病请求离去，并且说辛爱有非分的企图，应当谨慎防备他。于是引退离去。过了三年，死去。赠太子少保。
曹邦辅廉洁刚直。在吴中被逮时，有司送上所储俸钱，被挥之出去。做官四十年，家里没有余钱。巡抚、巡按向皇帝报告这个情况，皇帝下令派遣右评事刘叔龙为他营造坟墓。
李遂，字邦良，丰城人。弱冠之年，跟从欧阳德学习。考中嘉靖五年(1526)进士，授官行人。升任刑部郎中。锦衣卫送强盗十三人，李遂只用一人抵罪，其他的都被他分辨释放。确立太子时，大赦天下。李遂请求将“大礼”大案诸臣都列在赦令中，尚书聂贤恐惧不敢，于是和同官一起向都御史王廷相求问，王廷相听凭他们这样做，事情虽然没有成功，但议者赞美他。
不久调他到礼部，忤逆尚书夏言。因事遭弹劾下诏狱，贬任湖州同知。三迁衢州知府，提升为苏、松兵备副使。逐渐升职为广东按察使，在位期间释放囚徒八百多人。进官山东右布政使。江洋多盗贼，于是迁右佥都御史提督操江。军政严明，盗不敢发。俺答侵犯京师，召李遂督苏州军饷。他没有向皇上谢恩，就请求关防验符用新的官衔。皇帝恼怒，削去他的官籍。
三十六年(1557)，倭寇侵扰江北。朝廷讨论说因督漕都御史兼理巡抚，没有时间对付敌寇，请求特别设置巡抚，于是命李遂用原官身份巡抚凤阳四府。当时淮、扬三次遭受倭寇侵掠，这一年又发大水，而且天天役使人民拉大木运送到京师。李遂请求增加粮饷增加兵士，抚恤黎民节省开支，这些措施都是为了战、守作打算。
三十八年(1559)四月，倭寇数百艘船侵犯海门。李遂对诸将说“：敌贼跑到如皋，其众一定会集合在一起。合则侵犯之路有三条：从泰州逼近天长、凤、泗，则陵寝将受到惊动；从黄桥逼近瓜、仪，以动摇南都，则运输要道将被梗塞；如果从富安沿海向东都庙湾，则是绝地。”于是命令副使刘景韶、游击丘陛扼守如皋，而自己亲驰泰州首当其冲。当时敌贼声势非常强盛，副将邓城抵御敌人被打败，指挥张谷战死。敌贼知道如皋有准备，准备侵犯泰州，李遂急檄令刘景韶、丘陛遏止敌贼。连战于丁堰、海安、通州，都打了胜仗。敌贼沿海向东掠去，李遂高兴地说“：敌贼没有能力打了。”下令刘景韶、丘陛尾随其后，而在庙湾招引敌贼。又顾虑到敌贼突向淮安，于是夜半奔驰入城。敌贼不久就到达，李遂督参将曹克新等人在姚家荡抵御他们。通政唐顺之、副总兵刘显前来支援，敌贼大败逃走，用余众保庙湾。刘景韶也在印庄打败敌贼，追赶到新河口，焚杀敌人甚众。庙湾敌贼占据险要不出，进攻了一个多月，还不能攻克。
李遂命令刘景韶堵塞堑要、砍树木压平垒阵，用火焚敌舟，敌贼乘夜雨潜逃。官军占据敌人的巢穴，追赶敌人到虾子港，江北的倭寇全部被平息。皇帝大喜，用玺书奖励官兵。
驻扎在崇明三沙的敌人，准备侵犯扬州。刘景韶与他们交战，连连取得胜利，将他们围困在刘庄。等待刘显来支援，李遂下檄令诸军都归刘显指挥。攻破敌人巢穴，将敌贼追赶到白驹场，敌贼全部被歼。这时李遂已迁南京兵部侍郎。评定功劳，赐予他一个儿子官职，赏赐银币。御史陈志核实奏上李遂平定倭寇的功劳，前后二十余次战斗，斩获三千八百多人。再次赠予一子世袭千户，增加俸禄二级。
他莅临南京刚刚数月，振武营发生军变。振武营是尚书张鏊招募健儿来抵御倭寇的，向来骄悍。旧制，南军有妻子的，月粮米一石；无妻子的，减少十分之四；春季和秋季的第二个月，米一石折银五钱。马坤掌管南京户部，上奏减折色之一，督储侍郎黄懋官又上奏革除新募补额之人的妻粮，诸军非常怨恨。替代马坤的人蔡克廉正在病中，诸军因这一年发生饥荒向黄懋官请求恢复折色到原来的定额。黄懋官不许可，发放粮饷又超过期限。三十九年(1560)二月检阅演习那天，振武营士兵在黄懋官公署鼓噪。黄懋官紧急招张鏊和守备太监何绶、魏国公徐鹏举、临淮侯李庭竹及李遂到来，这时诸营军已经武装进入里面来，给他们银子，他们争相抢夺银子。黄懋官见士兵其势汹汹，翻越墙壁投到吏舍，乱兵跟着追赶。徐鹏举、张鏊对乱兵进行慰问调解，他们不听。竟将黄懋官残杀，剥光衣服将死尸放在闹市。何绶、徐鹏举派遣官吏手持文书，许诺给赏万金，士兵立即将它撕碎。一直到许诺犒赏十万金，才渐渐平定。第二天，诸位大臣聚集在守备厅，乱卒也聚集在一起。李遂大声说“：黄侍郎自己越墙致死，诸位士兵特不应该残害侮辱他。我据实向朝廷奏说，不用反叛来诬蔑你们。”因而指挥众人退去，许诺恢复士兵的妻粮和原来的定额。给予每人银一两补折价，乱兵才散去。李遂于是托病闭阁，给免死券来安慰他们，而密令营将抓捕首恶二十五人，拘囚入狱。皇帝下诏令追革黄懋官和蔡克廉的官职，罢去何缓、李庭竹、张鏊的官职，任用徐鹏举如前，李遂因有功而被提升。只诛叛卒三人，其余的戍守边卫，而这三人已经先死了。李遂感叹地说“：士兵从此更加骄横了。”
不久，江东代替张鏊任尚书。江北池河营的士兵因为千户吴钦革除他们的帮丁，就殴打吴钦并将他缚在竿子上。帮丁是操练防守士兵的每人给一丁兵饷，以资往来费用。李遂已被召封为兵部左侍郎，因言官推荐而提升为南京参赞尚书，由他来镇压安抚。营卒被妖僧绣头所惑，又散布流言。李遂将绣头捕住杀掉，再三向队伍申严纪律，书写军士的姓名籍贯，年龄相貌，系牌腰间，军士才止息。既而又上奏调镇武军保护陵寝，一日解散千人，留都自此没有祸患。过了四年，因年老辞官引退。
李遂博学多智，长于用兵，但也善于逢迎。皇帝准备重新建造三殿，李遂奏说五河县泗水中涌现大杉一棵，这是川泽效灵，为助圣主鼎新革故，皇帝大喜。李遂又进献白兔，皇帝为此派遣官员告于宗庙。从此皇帝更加宠爱李遂。死后，赠太子太保，谥号襄敏。
唐顺之，字应德，江苏武进人。祖父唐贵曾任户科给事中。父亲唐宝做过永州知府。唐顺之颇有天赋，从小聪明异常，随着年龄的增长，他博览了众多的文献典籍。在二十三岁时，他参加了嘉靖八年(1529)的会试，荣登榜首，以进士资格入翰林院为庶吉士。曾为会试主考官的张璁，与翰林学士们过不去，将诸位翰林学士调任其他部门，只想留唐顺之继续供职于翰林院。唐顺之坚决地辞却这一特别恩惠，于是调任兵部主事。为此唐顺之称病归家休养。过了一段时间，唐顺之被任命为吏部官员。
嘉靖十二年(1533)秋天，皇帝下诏从朝臣中选拔翰林学士，唐顺之改任翰林院编修，校订各朝实录。实录校订工作将告结束时，他又上疏请病假，张璁将唐顺之的奏疏扣住不予发还。有人进言说唐顺之是为了回避张璁，张璁听说大为恼火，为皇帝拟出一道圣旨，将唐顺之从吏部主事任上罢免放归，并永不起用。直到十八年，朝廷选拔宫廷官员，才以以前的官职起用兼任春坊右司谏。后来唐顺之与罗洪先、赵时春请求朝见皇太子，惹恼了嘉靖皇帝，又被削职归田。从此，唐顺之在阳羡山中隐居读书十多年。虽然朝廷内外不停地有人推荐唐顺之，但皇帝一概不予理会。
当倭寇蹂躏大江南北时，在浙江督察剿倭战事的赵文华，上疏推荐了唐顺之。唐顺之被起用为南京兵部主事。由于父丧期限未满，唐顺之并未立即出山。丧期结束后，朝廷召用为职方员外郎，并晋职为兵部郎中。兵部派唐顺之到蓟州镇查核军籍情况。回京后，唐顺之上奏报告说该镇缺额三万多员，在籍兵员也没有什么战斗力。为此，他上书提出了九条解决办法。由于唐顺之的报告，蓟州镇总督王忄予以下诸将都受到降级处罚。
不久又派唐顺之到南京、浙江督察军务，与胡宗宪一道商议剿除海盗诸事。唐顺之认为抵御海盗的上策是将海盗阻截在海岸线外，如果让其登上陆地，内地就都受到祸害。于是唐顺之亲自巡视海上，从江阴抵达蛟门，一昼夜行驶六、七百里，随从人员都惊恐呕吐，唐顺之依然精神抖擞。倭寇屯集在崇明三沙岛，唐顺之亲自督水军邀截攻击，斩敌一百二十人，沉敌船十三艘。因战功唐顺之升为太仆少卿。胡宗宪说唐顺之权力小，不宜于指挥战事，又加职为右通政。唐顺之听说海寇将进犯江北，于是急令总兵官卢镗在三沙岛阻击，自己率副总兵刘显迅速增援，与凤阳巡抚李遂合力大败海寇于姚家荡。海寇困窘，退驻庙湾。唐顺之乘势进击，杀伤部分敌人。李遂意欲将敌人围困起来，唐顺之觉得这不是办法，于是指挥进攻敌人营寨，用火炮攻击，但没有攻克。三沙岛的官军又频频告急，唐顺之于是又率兵增援三沙，督率卢镗、刘显进攻，却先后两次失利。唐顺之十分愤恨，亲自跃马布阵，海寇构筑了高高的。。望楼，在楼上看见唐顺之军伍整齐，因而坚守阵地而不出战。见此情形，刘显请求退兵，唐顺之不同意，他手提战刀，冲到距敌人营地百多米处，卢镗、刘显担心出事，坚决要唐顺之退回。这时正值酷暑，唐顺之在海船中居留两月之久，染上了疾病，于是返回太仓。李遂调任南京，唐顺之即升为右佥都御史，并代李遂为凤阳巡抚。唐顺之病日益沉重，由于战事棘手，他不便辞职归养。唐顺之到达江北时，海盗已被李遂等人剿灭。这时淮、扬二州发生了大饥荒，唐顺之因而上疏提出了加强海防、处理善后事宜等九条措施。
嘉靖三十九年(1560)春天，汛期到了，唐顺之带病巡视海上，过焦山，至通州病逝，时年五十四岁。讣告传到京师，皇帝令公祭安葬。按常规，四品官只赐祭，而不赐葬，唐顺之因为国辛劳而死，所以得到皇帝赐葬的礼遇。
唐顺之学识渊博，天文、乐律、地理、兵法、弧矢、勾股、壬奇、禽乙诸学，无不探究原委。他还从古今文献中摘录有关资料，按类别分为左、右、文、武、儒、稗六编，传播于世，因其内容深奥读书人也不能理解其奥妙。唐顺之作古文辞，汪洋恣肆有大家风范。平生节俭勤苦，以破旧的门板拼成床榻，铺盖也简朴得很。他曾师从王畿习良知之学，闭门独坐，整月都忘掉睡觉，在静坐中颇有所得。晚年由赵文华推荐出山，他曾就此事商议于罗洪先。罗洪先说“：你从前已隶属官籍，你的身子并非你自己所有，怎么能和一般隐士相比？”唐顺之于是出任，然而他的声名亦因此颇受损害。崇祯中年，追赠唐顺之“襄文”谥号。
言被擒的人都是良民，不是贼党，以此来蛊惑人心。又挟制有司，轻的按胁从被掳的罪名加以处理，严重犯罪的则按强盗拒捕的法律处理。朱纨上疏说“：现在海禁分明，不知由什么原因被掳，由什么原因胁从。如果以引进番导来寇为强盗，海洋敌对为拒捕，我很愚昧，实在不能理解。”于是朝廷让他不须请示灵活处置、杀戮。
朱纨执法非常坚决，势豪之家都感到恐惧。贡使周良安插已定，闽人林懋和为主客司，宣言应当放他回去。朱纨因为中国制驭诸番，应当遵守大信，谏争得很强烈。就说：“除去外国强盗容易，除中国强盗困难。除去中国濒海的强盗还容易，除去中国衣寇的强盗特别困难。”闽、浙的人更加恨他，竟勒令周良还泊海屿，以等候贡期。吏部采用御史闽人周亮和给事中叶镗的话，上奏改朱纨为巡视，以减少他的权力。朱纨愤怒，第二年春天上疏说：“我整顿海防，稍有次第，周亮想侵削我的权力，致使我管的官吏不肯听我的命令。”既而又陈述明国事、正宪体、定纪纲、扼要害、除祸本、重决断六事，语言多有愤激。中朝士大夫先听进浙、闽人的话，也有不喜欢朱纨的人。
朱纨前往讨伐温、盘、南麂诸贼，连战三月，大破敌军，还平息处州矿盗。这一年的三月，佛郎机国人到诏安进行抢劫。朱纨攻击擒获他们的头领李光头等九十六人，又用相机处理之法将他们杀戮。并将情况报告给皇帝，语言中又侵犯了诸势豪之家。御史陈九德于是弹劾朱纨擅自杀戮。于是免去朱纨的官职，命令兵科都给事中杜汝祯考察审问。朱纨听说后，慷慨流涕说：“我贫穷而且有病，又意气自负，不能对簿公堂。纵使皇帝不想杀我，闽、浙人一定会杀我。我死，自己解决，不须他人。”写墓志，作绝命词，饮药而死。二十九年(1550)，给事中杜汝祯、巡按御史陈宗夔回来，说是奸民鬻贩拒捕，没有僭号流劫之事，问朱纨擅杀之罪。皇帝下诏令逮捕朱纨，朱纨在这以前已经死了。柯乔、卢镗等人一并被处死刑。
朱纨清强峭直，勇于任事。想为国家杜绝祸乱的根源，才被势豪之家陷害，朝野人士都为他叹息。自从朱纨死后，罢去巡视大臣官职不设，朝廷内外都摇手不敢说海禁方面的事。浙中卫所四十一个，战船四百三十九艘，军籍尽为耗散。朱纨将福清捕获的盗船四十多艘，分布在海道，在台州海门卫的有十四艘，作为黄岩的外部屏障。副使丁湛全部将它们遣散，撤消防备放开海禁。不久，海寇大作，荼毒东南有十多年。
张经，字廷彝，侯官人。起初冒用蔡姓，很久之后才复用张姓。正德十二年(1517)进士。授职嘉兴知县。嘉靖四年(1525)召到朝廷封为吏科给事中，历官户科都给事中，多次论说弹劾他人的言行。言官指责他是张璁、桂萼同党，吏部说张经行为端正，不问他的罪。后被提升为太仆少卿，历右副都御史，协助处理院事。
十六年(1537)进官兵部右侍郎，总督两广军务。断藤峡贼侯公丁占据弩滩搞叛乱。张经和御史邹尧臣等人定计，以军事托付副使翁万达，诱捕侯公丁。参议田汝成提议乘势进行讨伐。命令副总兵张经带领三万人作为左军，由翁万达做监军，指挥王良辅等六将分六道会集南宁，都指挥高乾带领六千人为右军，由副使梁廷振为监军，指挥马文杰等四将分四道会集宾州，抵达贼巢进行夹击。敌贼从林峒向东跑，王良辅等半路拦击，敌贼中断，又向西跑，斩敌首一千二百级。向东跑的那部分逃遁进入罗运山，翁万达等人挥师攻击他们。檄令右军沿江向东，绕到敌人背后。敌贼砍巨木阻塞隘口，布下蒺藜竹签，埋伏机弩毒镖，悬石树杪，遇急就撼动其树，石头都掉下来，官军又用计破敌。右军错过时机，田州土酋卢受便放敌贼离去。此役俘虏敌众四百五十人，招降二千九百多人。土人说，祖辈居住罗运有八世了，没有听说官军到过该地。向皇帝奏闻捷报，晋升张经为左侍郎，加俸禄一级。
不久与毛伯温定计，抚定安南，再晋升为右都御史。平定思恩土司和琼州黎部，升为兵部尚书。副使张瑶等人讨伐马平瑶屡次战败，皇帝将张瑶等人问罪而宽免张经。给事中周怡弹劾张经，张经乞求罢官，皇帝不同意。后因丧父而回家乡。服丧期满后，起用为三边总督。给事中刘起宗说张经在两广克扣饷银，才取消前项任命。
三十二年(1553)起用为南京户部尚书，就改兵部。第二年五月，朝议因倭寇猖獗，设立总督大臣。命令张经不解除兵部职务，总督江南、江北、浙江、山东、福建、湖广诸军，相机处置方便行事。张经征两广狼土兵听用。这一年十一月，皇帝采用兵科的话，改任张经为右都御史兼兵部右侍郎，专门办理讨贼这件事。倭贼二万多人占据柘林川沙洼，他们的同党正接踵而来。张经每日选将练兵，计划捣毁敌巢。因江、浙、山东的兵战斗屡次失败，想等狼土兵到达后用他们出战。第二年三月，田州瓦氏兵先到达，想速战，张经不准出战。东兰诸兵相继到达。张经将瓦氏兵隶属总兵官俞大猷，将东兰、那地、南丹兵隶属游击邹继芳，将归顺及思恩、东莞兵隶属参将汤克宽，分屯在金山卫、闵港、乍浦，牵制敌贼三面，以等待永顺、保靖兵来聚集。正巧侍郎赵文华因祭海到达这里，与浙江巡按胡宗宪一起，多次催促张经进兵。张经说“：敌贼狡猾而且人多，待到永、保之兵到达后夹攻，才是万全之策。”赵文华再三说服，张经执守灵活处事之权而不听他的。赵文华密疏皇帝说张经糜饷殃民，害怕敌贼而失去军机，想等敌人抢足东西逃跑后，剿敌余寇报功，应当立即整治他，以解除东南的大祸。皇帝问严嵩，严嵩的回答像赵文华所说的一样，并且说苏、松人怨恨张经。皇帝怒，当即下诏逮捕张经。这时是三十四年五月。
正在赵文华拜疏的时候，永、保兵已到达目的地，这一天就有石塘湾的胜利。到五月初一，倭寇突入嘉兴，张经派遣参将卢镗督保靖兵增援，让俞大猷督永顺兵从氵卯湖趋向平望，让汤克宽带领船兵从中路攻击，在王江泾合战，歼敌一千九百多人，烧死溺死的人很多。张经从兵事兴起以来可称是战功第一。给事中李用敬、阎望云等人说：“王师大捷，倭军的勇气被夺，不宜易换将帅。”皇帝大怒说：“张经对朝廷欺诞不忠，听到赵文华弹劾，才进行一战。李用敬等人是他的奸党。”将李用敬等在朝廷上用杖拷打，每人五十杖，并被贬斥为民。之后皇帝感到怀疑，就询问严嵩。严嵩说：“徐阶、李本江是浙江人，都说张经养寇不战。赵文华、胡宗宪合谋进剿敌寇，张经是冒他们的功。”并极力说赵文华、胡宗宪二人忠诚。皇帝深信他的话。张经到达朝廷后，详细地说出进兵的始末，并且说“：我任总督半年，前后俘歼敌人五千，请求据情减罪。”皇帝最终不采纳他的话，将他判处死罪拘囚狱中，这一年十月，与巡抚李天宠一起被斩首。天下的人都知道他是冤屈的。
胡宗宪，字汝贞，绩溪人。考中嘉靖十七年(1538)进士。历任益都、余姚二县知县。升御史职，巡视宣府、大同。皇帝诏令迁徙大同左卫军到阳和、独石，士卒聚众喧哗抗拒，宗宪单人独马前往安抚解释，同意不再迁徙，士卒这才安定下来。
嘉靖三十三年(1554)，胡宗宪出使巡按浙江。当时歙县人汪直盘踞五岛煽动倭人入侵，而徐海、陈东、麻叶等以柘林、乍浦、川沙洼为巢穴，经常骚扰郡县。嘉靖皇帝任命张经为总督，李天宠为浙江巡抚，又命侍郎赵文华督察军务。赵文华依恃严嵩为后台，异常骄恣。但张经、李天宠并不依附于他，独有胡宗宪委身依附。赵文华大为高兴，于是合力排挤张、李二人。倭寇进犯嘉兴，胡宗宪以毒酒杀死数百人。及至张经破敌于王江泾，胡宗宪亦为有力的参加者。赵文华将战功归于胡宗宪，而尽数抹杀张经的功绩，张经因此获罪。不久又诬陷李天宠，并立即提升胡宗宪为右佥都御史，取代李天宠巡抚浙江。
此时柘林倭寇移驻陶宅，兵势渐弱，正值苏、松巡抚曹邦辅歼灭倭寇于浒墅，赵文华意欲居功未能如意，大为遗憾，于是率兵进剿陶宅残余倭寇。胡宗宪与其一道行动，带精锐士卒四千人，扎营于砖桥，约同曹邦辅夹击倭寇，倭寇拼死反击，胡宗宪的部下伤亡千余人。赵文华命令副使刘焘继续攻击，又遭惨败。倭寇趁机进犯浙东诸州县，杀害政府文武官吏甚众。胡宗宪于是与赵文华商定施用招抚的计谋。赵文华回朝廷后，大肆诋毁总督杨宜，并向朝廷推荐胡宗宪，于是命胡宗宪以兵部右侍郎职取代杨宜为总督。
首先，胡宗宪派幕客蒋洲、陈可愿出使日本，宣谕朝廷诏书，在航行到王岛附近时遇上了汪直养子汪誢，汪誢邀请两位使者去见汪直。此前汪直诱使倭寇入侵沿海州县，倭人掠夺了不少财富，因此倭寇常裹挟各岛的居民一起洗劫地方。在与官军作战中，死伤不少，有的甚至整座岛屿都没有一个人活着回来，死者家属多归怨汪直。于是汪直与汪誢、叶碧川、王清溪、谢和等据五岛自保，岛上的人称汪直为老船主。胡宗宪与汪直同乡，他想招抚汪直，从金华监狱中释放了汪直的母亲和妻子，并给了优厚待遇。蒋洲等人这次见到了汪直，就将胡宗宪的意思告诉了汪直，汪直动心了，又得知老母娇妻安然无恙，非常高兴地说：“俞大猷逼得我无路可退，所以落到今天这一步。如果允许我赎罪通市贸易，我愿意归降。但日本国王已经死了，各岛无统一之权，须待逐个地劝说解决！”于是留下蒋洲，派遣汪誢等人护从陈可愿返回。胡宗宪以厚礼接待了汪誢，并给他以立功的机会。汪誢先后在舟山、列表击败倭寇，胡宗宪为汪誢向朝廷请功，朝廷因此赐汪誢等人金币，让汪誢等人回岛。汪誢大为欢喜，并告之徐海意欲内犯的消息。不久，徐海果然招引大隅、萨摩两岛的倭寇分路侵掠瓜洲、上海、慈奚谷，并自带万余人攻击乍浦，陈东、麻叶与其一道行动。胡宗宪固守塘栖，与巡抚阮鹗相为犄角。正逢徐海进窥皂林，阮鹗派遣游击宗礼邀击徐海于崇德三里桥，三战三捷，此后不久宗礼竟兵败身死，阮鹗逃至桐乡。
阮鄂部驻扎桐乡，徐海部众乘胜将其围困。胡宗宪私下计议说“：与阮鹗同困于此，于战事无补。”于是回到杭州，派指挥夏正等带着汪誢的书信劝降徐海。徐海大惊说“：老船主也归降吗？”这时徐海有伤在身，为此颇为心动，就说“：兵分三路行动，由不得我一人呀。”夏正回答说“：陈东已另有约定，所担心只有你徐公了。”徐海于是对陈东有了猜疑。而陈东知道徐海营中有胡宗宪的使者时，大为吃惊，由此与徐海有了隔阂。夏正乘机说服徐海，徐海派遣使者前来联系，并索要财物，胡宗宪尽数满足他们的要求。徐海于是放归官军俘虏二百人，放弃桐乡之围。陈东坚持围攻一天之后也撤走，回到乍浦。阮鹗知道自己不是徐海的对手，也就东渡钱塘江以抵御其他海寇。
起初，徐海入侵，上岸后焚毁了自己的舟船，以向士卒表明其有进无退的决心。至此，胡宗宪派人跟徐海说：“你已归附官府，吴淞江那儿有贼人活动，何不出击贼人而立功呢？再说，可以掠夺其舟船，为自己进退之用。”徐海觉得此言不差，就迎击海盗于朱泾，杀死海盗三十多名。胡宗宪又密令俞大猷偷偷地焚毁徐海新近掠夺的舟船。徐海心中恐惧，将弟弟徐洪作为人质，并献上自己平日佩戴的飞鱼冠、坚甲、名剑及其他珍奇玩物。胡宗宪因此厚待徐洪，谕告徐海如能将陈东、麻叶绑来，将给他世袭的军功爵位。不久，徐海果然将麻叶绑到。胡宗宪亲手解掉绳索，并令麻叶写信陈东，要他除掉徐海，胡宗宪又设法将此信内容泄露给徐海。徐海动怒，徐海之妾也受到胡宗宪的贿赂，劝徐海先除陈东。于是徐海又设计捕捉陈东，献之于胡宗宪，并率其部众五百人离开乍浦，驻扎梁庄。官军焚毁乍浦贼人营地，斩首三百余级，烧死、淹死的也不少。徐海于是确定了请降日期，不料徐海又提前猝然而来，将全副武装的壮士留在平湖城外，自带酋长一百余人，披甲前来，赵文华等很害怕，意欲拒绝徐海等人的晋见，胡宗宪执意接见。徐海叩头请恕其罪，胡宗宪抚摸着徐海的脑袋，以好言安慰。徐海自己选择沈庄屯聚部众。沈庄分为东西两庄，中间以河为界。胡宗宪让徐海居东庄，西庄安排给陈东部众。胡宗宪叫陈东致信余部说：“督府檄文徐海，要他晚上来捕捉你们。”陈东余部大为恐惧，于是乘夜攻击徐海，徐海带着两个小妾逃走，在小路上为兵器所伤。第二天，官军包围了徐海，徐海投水而死。这时卢镗也擒获了辛五郎，辛五郎是大隅岛海盗头子的弟弟。于是胡宗宪将俘获的徐洪、陈东、麻叶、辛五郎及徐海首级进献京师。皇帝大悦，举行告庙大礼，胡宗宪加官为右都御史，加级赐赠金币。徐海余部逃往舟山，胡宗宪命俞大猷雪夜焚烧其营地，海盗尽数死于烈火之中。两浙的倭患渐次平息。
嘉靖三十六年(1557)正月，阮鹗改任福建巡抚，朝廷命胡宗宪兼任浙江巡抚之职。蒋洲在倭人中，谕令山口、丰后二岛头目源义长、源义镇归还所掠大陆人口，并备办乡物入贡朝廷。宗宪以此事上报，嘉靖帝诏令厚赏来使，将其放还。十月，又派夷人头目善妙等，随汪直前来贸易，停泊在岑港。浙江人听说汪直乘倭人船只而来，大为惊异。巡按御史王本固也上言不宜，朝臣说胡宗宪将酿东南大祸。汪直遣汪誢前来晋见胡宗宪说“：我们奉诏而来，为的是止息兵戈，安定边境，应该有使者远道迎接，设宴犒赏。现今却戒备森严，禁止舟船往来，胡公是不是在欺骗我？”胡宗宪再三解释，汪直不肯相信。宗宪又令汪直的儿子写信招请汪直，汪直说：“儿子你多蠢，你父亲在，就厚待你，父亲来了，全家同归于尽。”因而要求有一朝廷命官做人质。胡宗宪立即派夏正与汪誢一同前往。胡宗宪曾预先撰写了请赦汪直罪疏，并将汪誢引入卧室内，偷看了奏疏内容。汪誢告诉了汪直，汪直的疑心逐渐解除，于是偕同叶碧川、王清溪进谒胡宗宪，胡宗宪尽心抚慰，并令汪直等去杭州见王本固。王本固将汪直等人关进监狱。宗宪上疏请为汪直赎死罪，让汪直戍守海疆，以笼络番夷之心。王本固上书强烈反对，而社会舆论说宗宪受了汪直等人的贿赂。胡宗宪很害怕，就改变了主意。汪直论以死罪，叶碧川、王清溪充军边塞。汪誢与谢和于是肢解了夏正，驻扎舟山，守驻岑港。官军四面合围，贼人殊死搏斗，伤亡甚多。
到了第二年春天，大批新的倭寇增援而来，朝廷严旨斥责宗宪。胡宗宪害怕朝廷降罪，上疏陈述战功，说贼人指日可灭。有关部门指斥其为荒谬之言。嘉靖帝大怒，尽数剥夺俞大猷等将官之职，严厉地斥责胡宗宪，命令他在指定期限平定倭患。这时赵文华已获罪处死，胡宗宪失去内援，他见倭患来了，想讨好皇上，恰好在舟山得到一只白鹿，胡宗宪将白鹿献于皇上，嘉靖帝大为高兴，行告庙祭礼，厚赏银币。不久，胡宗宪又上一只白鹿，嘉靖帝愈发高兴，在玄极宝殿及太庙行祭礼酬谢，朝廷百官也前来祝贺，赐加胡宗宪俸禄。不久之后，岑港海寇移驻柯梅，官军多次进攻而不能得手。御史李瑚弹劾胡宗宪，说他诱捕汪直，挑起衅端。王本固和给事中刘尧诲也上疏弹劾老师放纵海寇，请剥夺胡宗宪的各项奖赏。嘉靖帝命群臣讨论，大家都说胡宗宪功劳多，不宜罢免。嘉靖念其擒获汪直之功，命令胡宗宪仍官居原职。
海寇移驻柯梅后，制造巨大的舰船作为逃走的运载工具。大船竣工后，胡宗宪认为海寇走有利于自己，因此，并不攻击敌人。海寇将大船驾驶到浯屿，大肆攻掠福建沿海州县。福建人大噪，说胡宗宪嫁祸闽人。御史李瑚又疏劾胡宗宪三大罪。李瑚与俞大猷都是福建籍人，胡宗宪怀疑俞大猷说了什么，于是上疏弹劾俞大猷消极作战，因此俞大猷被捕入狱。
此时，江北、福建、广东皆为倭寇所害。胡宗宪虽然尽督东南数十府，但道路迢迢，只是遥控而已，不能详加筹划。然而一有小胜就论功奖赏，这样的事无月不有，如果战败了，却不追究责任。嘉靖三十八年(1559)，海寇大举攻掠温州、台州，并有另外一支海寇侵扰沿海诸县。给事中罗嘉宾、御史庞尚鹏奉诏调查此事，说胡宗宪纵养海寇，当置重刑。嘉靖帝并不追究。第二年，论平汪直之功，加胡宗宪为太子太保。
胡宗宪善用权术，喜取功名。通过赵文华结纳严嵩父子，每年进献金币、玉帛、奴婢及珍奇淫巧无数。赵文华死后，胡宗宪更加巴结严嵩，威权震于东南。胡宗宪善待宾客，常招请东南士大夫参预军事谋议，名利双收。至于身怀各种技艺的各色人等，都予蓄养，施之于恩赏，也就能得其死力。然而胡宗宪创制均徭的征纳法，额外加征田赋，人民为此困敝不堪。而且他还侵吞国库，聚敛富人财物无数。罗嘉宾、庞尚鹏还朝，上疏申诉胡宗宪侵吞国库，计银三万三千两，其他则无典册可寻。胡宗宪上疏自辩，说“：臣为国除贼，下诱饵，施用反间计，没有小恩小惠，是难成大事的。”嘉靖帝对宗宪的做法表示理解，抚慰再三。不久，胡宗宪上疏，请节制巡抚及掌管江都御史之权，如三边旧例。嘉靖帝即晋胡宗宪为兵部尚书，一如所请。胡宗宪又献白龟二只、五色芝五株。皇帝为此又到玄宝殿的太庙祭告酬谢，并加倍赏赐宗宪。
第二年，江西发生农民起义，胡宗宪兼职节制江西。宗宪未到，总兵官戚继光已剿平地方。九月胡宗宪奏称“：盗贼屡次侵犯宁、台、温诸地，我部前后俘虏斩首一千四百多级，贼众全部剿灭。”皇帝高兴，加胡宗宪少保衔。两广平定巨盗张琏，也归功于宗宪。这时严嵩已倒台，大学士徐阶说：“两广讨平贼众，这跟浙江有什么关系呢？”于是皇帝仅赐给银币。不久，南京给事中陆凤仪疏劾胡宗宪党附严嵩以及奸欺贪淫十大罪状，朝廷乃下旨逮捕拿问。等宗宪押到时，嘉靖帝说“：宗宪不是严嵩之党羽，我选拔任用他八九年，人们对他并无微词。自从屡献祥瑞之物后，被群邪嫉妒。并且开始讨论捕获汪直功劳时答应给他五等封爵，现在如果加罪于他，以后谁还为我做事呢。放他回去闲住吧。”
事情过了很久，胡宗宪在万寿节进献秘术十四条，嘉靖帝大为喜悦，又考虑起用他。此时正逢御史汪汝正抄没罗龙文家，得到一件胡宗宪手写的文书，原来是胡宗宪被弹劾时自拟圣旨让罗龙文转给严世蕃的，于是将胡宗宪逮捕下狱。胡宗宪上疏自叙讨平倭患之功，说自己因献祥瑞得罪言官，且告汪汝正接受赃物之事。嘉靖帝对胡宗宪还是有所眷恋，并将汪汝正捕入狱中。胡宗宪最终病死狱中，汪汝正获释。万历初年，恢复胡宗宪官职，追谥襄懋。
曹邦辅，字子忠，定陶人。嘉靖十一年(1532)进士。历任元城、南和知县，以廉洁干练著称。提升为御史，巡视河东盐政。巡按陕西，弹劾总督张珩等人冒功，他们都谪戍边关。调任湖广副使，补职河南。
柘城叛贼师尚诏造反，攻陷归德。检校董纶率民兵巷战，手刃数贼，与他的妻子贾氏都战死。敌贼又攻陷柘城，劫获举人陈闻诗做主帅。陈闻诗不听，斩其随从来要挟他。陈闻诗哄骗他们说：“一定要我同行，就不要杀人，不要放火。”敌贼许诺，将他拥上马。他三天绝食，到鹿邑自缢而死。敌贼包围太康，都指挥尚允绍与他们在鄢陵交战，被敌贼打败。尚允绍又在霍山攻击敌贼，被敌贼包围，官兵没有敢前进的。曹邦辅将走在最后的士卒斩首，士卒就竞相前进。敌贼大溃，被擒斩的敌人有六百多人。师尚诏跑到莘县，被擒。敌贼起兵四十多天，攻破一府、八县，杀戮十多万人。曹邦辅与敌人急战，将他们歼灭。皇帝下诏令赏赐银币，升曹邦辅为山西右参政，迁浙江按察使。
三十四年(1555)拜封为右佥都御史，巡抚应天。倭寇聚集柘林。他们的党徒从绍兴逃窜转掠杭、严、徽、宁、太平，接着侵犯南京，攻破溧水，抵达宜兴。被官军追逼，逃奔浒墅。副总兵俞大猷、副使任环多次在半路上攻击他们，但柘林的余贼已经进据陶宅。曹邦辅督副使王崇古包围他们，佥事董邦政、把总娄宇协助剿敌。敌贼逃跑到太湖，被官军追上，并被全部歼灭。副将何卿的军队被敌人打败，曹邦辅援助他们。用火器攻破敌贼战船，前后俘歼六百多人。侍郎赵文华想窃取他们的功劳。曹邦辅的报捷之书先奏上皇帝，赵文华非常厌恨。既而赵文华与浙江巡按御史胡宗宪会同曹邦辅进攻陶宅的敌贼，诸路营军都被敌人击败。敌贼撤退时，曹邦辅进攻他们，又被打败，被剥夺俸禄。赵文华上奏告曹邦辅避难击易，致使战败，总督杨宜也奏曹邦辅故意违抗节制。给事中夏木式、孙。。为曹邦辅抗争，曹邦辅没有获罪。赵文华回到京城，上奏余贼已扫尽，而巡按御史周如斗又奏失败的情况，皇帝很怀疑赵文华。赵文华因而说“：敌贼容易歼灭，督抚的人员不当，致使战败。我过去论告曹邦辅，夏木式、孙。。却生事诬蔑我。东南涂炭何时能解除啊。”于是逮捕拘囚曹邦辅，将他谪戍朔州。
隆庆元年(1567)，杨博治理吏部，起用曹邦辅为左副都御史，协助处理院事。晋官兵部右侍郎，管理军政。不久以左侍郎兼右佥都御史，总督蓟、辽、保定军务。他说修治边墙并非上策，应当紧急练兵；兵练成之后才能谋议边事。用给事中张卤的话，召曹邦辅为右都御史，掌管院务。皇帝因京营事重，改协理为阅视，将京营交给懂得军事的大臣，遂以左都御史召还任职。之后，听从恭顺侯吴继爵的话，又改阅视为提督。
不久，转为南京户部尚书。上奏督仓主事张振选不听管束。吏部因而说：“过去执政喜欢别人取悦自己，属下的官吏依靠它来作为奥援。构陷朝堂上官员，以至于屈身降意，倒置名份。在外的巡按御史也曲庇进士推为知己，监司贤与不肖出自他的口吻。祸害政治没有比这更厉害的。”穆宗深深感到这些话是对的，于是贬黜张振选，整治内外诸司，但终不能改变。
曹邦辅多次乞求退休，皇帝不听。万历元年(1573)获准去京师，又因病请求离去，并且说辛爱有非分的企图，应当谨慎防备他。于是引退离去。过了三年，死去。赠太子少保。
曹邦辅廉洁刚直。在吴中被逮时，有司送上所储俸钱，被挥之出去。做官四十年，家里没有余钱。巡抚、巡按向皇帝报告这个情况，皇帝下令派遣右评事刘叔龙为他营造坟墓。
李遂，字邦良，丰城人。弱冠之年，跟从欧阳德学习。考中嘉靖五年(1526)进士，授官行人。升任刑部郎中。锦衣卫送强盗十三人，李遂只用一人抵罪，其他的都被他分辨释放。确立太子时，大赦天下。李遂请求将“大礼”大案诸臣都列在赦令中，尚书聂贤恐惧不敢，于是和同官一起向都御史王廷相求问，王廷相听凭他们这样做，事情虽然没有成功，但议者赞美他。
不久调他到礼部，忤逆尚书夏言。因事遭弹劾下诏狱，贬任湖州同知。三迁衢州知府，提升为苏、松兵备副使。逐渐升职为广东按察使，在位期间释放囚徒八百多人。进官山东右布政使。江洋多盗贼，于是迁右佥都御史提督操江。军政严明，盗不敢发。俺答侵犯京师，召李遂督苏州军饷。他没有向皇上谢恩，就请求关防验符用新的官衔。皇帝恼怒，削去他的官籍。
三十六年(1557)，倭寇侵扰江北。朝廷讨论说因督漕都御史兼理巡抚，没有时间对付敌寇，请求特别设置巡抚，于是命李遂用原官身份巡抚凤阳四府。当时淮、扬三次遭受倭寇侵掠，这一年又发大水，而且天天役使人民拉大木运送到京师。李遂请求增加粮饷增加兵士，抚恤黎民节省开支，这些措施都是为了战、守作打算。
三十八年(1559)四月，倭寇数百艘船侵犯海门。李遂对诸将说“：敌贼跑到如皋，其众一定会集合在一起。合则侵犯之路有三条：从泰州逼近天长、凤、泗，则陵寝将受到惊动；从黄桥逼近瓜、仪，以动摇南都，则运输要道将被梗塞；如果从富安沿海向东都庙湾，则是绝地。”于是命令副使刘景韶、游击丘陛扼守如皋，而自己亲驰泰州首当其冲。当时敌贼声势非常强盛，副将邓城抵御敌人被打败，指挥张谷战死。敌贼知道如皋有准备，准备侵犯泰州，李遂急檄令刘景韶、丘陛遏止敌贼。连战于丁堰、海安、通州，都打了胜仗。敌贼沿海向东掠去，李遂高兴地说“：敌贼没有能力打了。”下令刘景韶、丘陛尾随其后，而在庙湾招引敌贼。又顾虑到敌贼突向淮安，于是夜半奔驰入城。敌贼不久就到达，李遂督参将曹克新等人在姚家荡抵御他们。通政唐顺之、副总兵刘显前来支援，敌贼大败逃走，用余众保庙湾。刘景韶也在印庄打败敌贼，追赶到新河口，焚杀敌人甚众。庙湾敌贼占据险要不出，进攻了一个多月，还不能攻克。
李遂命令刘景韶堵塞堑要、砍树木压平垒阵，用火焚敌舟，敌贼乘夜雨潜逃。官军占据敌人的巢穴，追赶敌人到虾子港，江北的倭寇全部被平息。皇帝大喜，用玺书奖励官兵。
驻扎在崇明三沙的敌人，准备侵犯扬州。刘景韶与他们交战，连连取得胜利，将他们围困在刘庄。等待刘显来支援，李遂下檄令诸军都归刘显指挥。攻破敌人巢穴，将敌贼追赶到白驹场，敌贼全部被歼。这时李遂已迁南京兵部侍郎。评定功劳，赐予他一个儿子官职，赏赐银币。御史陈志核实奏上李遂平定倭寇的功劳，前后二十余次战斗，斩获三千八百多人。再次赠予一子世袭千户，增加俸禄二级。
他莅临南京刚刚数月，振武营发生军变。振武营是尚书张鏊招募健儿来抵御倭寇的，向来骄悍。旧制，南军有妻子的，月粮米一石；无妻子的，减少十分之四；春季和秋季的第二个月，米一石折银五钱。马坤掌管南京户部，上奏减折色之一，督储侍郎黄懋官又上奏革除新募补额之人的妻粮，诸军非常怨恨。替代马坤的人蔡克廉正在病中，诸军因这一年发生饥荒向黄懋官请求恢复折色到原来的定额。黄懋官不许可，发放粮饷又超过期限。三十九年(1560)二月检阅演习那天，振武营士兵在黄懋官公署鼓噪。黄懋官紧急招张鏊和守备太监何绶、魏国公徐鹏举、临淮侯李庭竹及李遂到来，这时诸营军已经武装进入里面来，给他们银子，他们争相抢夺银子。黄懋官见士兵其势汹汹，翻越墙壁投到吏舍，乱兵跟着追赶。徐鹏举、张鏊对乱兵进行慰问调解，他们不听。竟将黄懋官残杀，剥光衣服将死尸放在闹市。何绶、徐鹏举派遣官吏手持文书，许诺给赏万金，士兵立即将它撕碎。一直到许诺犒赏十万金，才渐渐平定。第二天，诸位大臣聚集在守备厅，乱卒也聚集在一起。李遂大声说“：黄侍郎自己越墙致死，诸位士兵特不应该残害侮辱他。我据实向朝廷奏说，不用反叛来诬蔑你们。”因而指挥众人退去，许诺恢复士兵的妻粮和原来的定额。给予每人银一两补折价，乱兵才散去。李遂于是托病闭阁，给免死券来安慰他们，而密令营将抓捕首恶二十五人，拘囚入狱。皇帝下诏令追革黄懋官和蔡克廉的官职，罢去何缓、李庭竹、张鏊的官职，任用徐鹏举如前，李遂因有功而被提升。只诛叛卒三人，其余的戍守边卫，而这三人已经先死了。李遂感叹地说“：士兵从此更加骄横了。”
不久，江东代替张鏊任尚书。江北池河营的士兵因为千户吴钦革除他们的帮丁，就殴打吴钦并将他缚在竿子上。帮丁是操练防守士兵的每人给一丁兵饷，以资往来费用。李遂已被召封为兵部左侍郎，因言官推荐而提升为南京参赞尚书，由他来镇压安抚。营卒被妖僧绣头所惑，又散布流言。李遂将绣头捕住杀掉，再三向队伍申严纪律，书写军士的姓名籍贯，年龄相貌，系牌腰间，军士才止息。既而又上奏调镇武军保护陵寝，一日解散千人，留都自此没有祸患。过了四年，因年老辞官引退。
李遂博学多智，长于用兵，但也善于逢迎。皇帝准备重新建造三殿，李遂奏说五河县泗水中涌现大杉一棵，这是川泽效灵，为助圣主鼎新革故，皇帝大喜。李遂又进献白兔，皇帝为此派遣官员告于宗庙。从此皇帝更加宠爱李遂。死后，赠太子太保，谥号襄敏。
唐顺之，字应德，江苏武进人。祖父唐贵曾任户科给事中。父亲唐宝做过永州知府。唐顺之颇有天赋，从小聪明异常，随着年龄的增长，他博览了众多的文献典籍。在二十三岁时，他参加了嘉靖八年(1529)的会试，荣登榜首，以进士资格入翰林院为庶吉士。曾为会试主考官的张璁，与翰林学士们过不去，将诸位翰林学士调任其他部门，只想留唐顺之继续供职于翰林院。唐顺之坚决地辞却这一特别恩惠，于是调任兵部主事。为此唐顺之称病归家休养。过了一段时间，唐顺之被任命为吏部官员。
嘉靖十二年(1533)秋天，皇帝下诏从朝臣中选拔翰林学士，唐顺之改任翰林院编修，校订各朝实录。实录校订工作将告结束时，他又上疏请病假，张璁将唐顺之的奏疏扣住不予发还。有人进言说唐顺之是为了回避张璁，张璁听说大为恼火，为皇帝拟出一道圣旨，将唐顺之从吏部主事任上罢免放归，并永不起用。直到十八年，朝廷选拔宫廷官员，才以以前的官职起用兼任春坊右司谏。后来唐顺之与罗洪先、赵时春请求朝见皇太子，惹恼了嘉靖皇帝，又被削职归田。从此，唐顺之在阳羡山中隐居读书十多年。虽然朝廷内外不停地有人推荐唐顺之，但皇帝一概不予理会。
当倭寇蹂躏大江南北时，在浙江督察剿倭战事的赵文华，上疏推荐了唐顺之。唐顺之被起用为南京兵部主事。由于父丧期限未满，唐顺之并未立即出山。丧期结束后，朝廷召用为职方员外郎，并晋职为兵部郎中。兵部派唐顺之到蓟州镇查核军籍情况。回京后，唐顺之上奏报告说该镇缺额三万多员，在籍兵员也没有什么战斗力。为此，他上书提出了九条解决办法。由于唐顺之的报告，蓟州镇总督王忄予以下诸将都受到降级处罚。
不久又派唐顺之到南京、浙江督察军务，与胡宗宪一道商议剿除海盗诸事。唐顺之认为抵御海盗的上策是将海盗阻截在海岸线外，如果让其登上陆地，内地就都受到祸害。于是唐顺之亲自巡视海上，从江阴抵达蛟门，一昼夜行驶六、七百里，随从人员都惊恐呕吐，唐顺之依然精神抖擞。倭寇屯集在崇明三沙岛，唐顺之亲自督水军邀截攻击，斩敌一百二十人，沉敌船十三艘。因战功唐顺之升为太仆少卿。胡宗宪说唐顺之权力小，不宜于指挥战事，又加职为右通政。唐顺之听说海寇将进犯江北，于是急令总兵官卢镗在三沙岛阻击，自己率副总兵刘显迅速增援，与凤阳巡抚李遂合力大败海寇于姚家荡。海寇困窘，退驻庙湾。唐顺之乘势进击，杀伤部分敌人。李遂意欲将敌人围困起来，唐顺之觉得这不是办法，于是指挥进攻敌人营寨，用火炮攻击，但没有攻克。三沙岛的官军又频频告急，唐顺之于是又率兵增援三沙，督率卢镗、刘显进攻，却先后两次失利。唐顺之十分愤恨，亲自跃马布阵，海寇构筑了高高的。。望楼，在楼上看见唐顺之军伍整齐，因而坚守阵地而不出战。见此情形，刘显请求退兵，唐顺之不同意，他手提战刀，冲到距敌人营地百多米处，卢镗、刘显担心出事，坚决要唐顺之退回。这时正值酷暑，唐顺之在海船中居留两月之久，染上了疾病，于是返回太仓。李遂调任南京，唐顺之即升为右佥都御史，并代李遂为凤阳巡抚。唐顺之病日益沉重，由于战事棘手，他不便辞职归养。唐顺之到达江北时，海盗已被李遂等人剿灭。这时淮、扬二州发生了大饥荒，唐顺之因而上疏提出了加强海防、处理善后事宜等九条措施。
嘉靖三十九年(1560)春天，汛期到了，唐顺之带病巡视海上，过焦山，至通州病逝，时年五十四岁。讣告传到京师，皇帝令公祭安葬。按常规，四品官只赐祭，而不赐葬，唐顺之因为国辛劳而死，所以得到皇帝赐葬的礼遇。
唐顺之学识渊博，天文、乐律、地理、兵法、弧矢、勾股、壬奇、禽乙诸学，无不探究原委。他还从古今文献中摘录有关资料，按类别分为左、右、文、武、儒、稗六编，传播于世，因其内容深奥读书人也不能理解其奥妙。唐顺之作古文辞，汪洋恣肆有大家风范。平生节俭勤苦，以破旧的门板拼成床榻，铺盖也简朴得很。他曾师从王畿习良知之学，闭门独坐，整月都忘掉睡觉，在静坐中颇有所得。晚年由赵文华推荐出山，他曾就此事商议于罗洪先。罗洪先说“：你从前已隶属官籍，你的身子并非你自己所有，怎么能和一般隐士相比？”唐顺之于是出任，然而他的声名亦因此颇受损害。崇祯中年，追赠唐顺之“襄文”谥号。